Elevada a la categoría de Academia Nacional de Medicina por la Ley 71 de 1890 emanada el Congreso de la República y sancionada por el Presidente Carlos Holguín, fue calificada al mismo tiempo asesora del gobierno nacional en materias de salud, papel que le fuera ratificado casi 90 años más tarde, por la Ley 02 de 1979.

En 1933-34 el Dr. Alfonso López Pumarejo, encargó a la Academia para que realizara el Primer Estudio Nacional de Salud, cuyas recomendaciones irían a ser aplicadas por su Gobierno e incluidas en la importante reforma constitucional de 1936. Por esta magna tarea la Academia fue condecorada con la Cruz de Boyacá.

Por la década de los 40's la Academia abordó los principales problemas de Salud en Colombia; la mejoría física, presupuestal e intelectual de los hospitales públicos, fundación de nuevas instituciones, creación de sanatorios para tuberculosis y lepra, campañas de vacunación, fijando normas de orientación para la educación médica, etc.

De 1945 en adelante se encargó de analizar y estudiar las primeras acciones del Ministerio de Salud y del Instituto de los Seguros Sociales. Obviamente, su poder normativo y asesor fue disminuyendo, pero en cuanto a su actividad científica, se puede decir que los más importantes trabajos de investigación elaborados en este país en los últimos 50 años han sido presentados a la Academia.

Como lo ha sido por más de un siglo, constituye un honor para los médicos colombianos y extranjeros pertenecer a la Academia Nacional de Medicina, ya que allí el candidato es escogido por sus méritos científicos, profesionales, éticos y humanos, y por sus contribuciones al engrandecimiento de la medicina del país. La admisión e incorporación de nuevas generaciones de médicos es un proceso continuo y dinámico que le permite a la institución renovarse cada año y proseguir en su afán de servir como orientadora y asesora de los destinos de la salud en Colombia.